Peste bubonique : Ce qu’un corps vieux de 3 000 ans en Espagne révèle sur les origines de la pire pandémie de l’histoire | Sciences et technologie :

La génétiste Aida Andrades (r) et l’archéologue Javier Fernández Eraso dans le dolmen El Sotillo à Álava.J. Fernandez :

Le plus ancien cas de peste bubonique en Europe occidentale a été identifié dans un corps enterré il y a plus de 3 300 ans au Pays basque espagnol. Le squelette de l’homme a été retrouvé dans la province d’Álava dans un dolmen appelé El Sotillo. La tombe familiale contenait également les restes de 12 autres personnes, ainsi qu’un large assortiment d’offrandes funéraires, notamment des pointes de flèches, des couteaux et des haches métalliques et des sculptures en pierre vieilles de 1 000 ans. Cette découverte soulève de nombreuses questions sur les origines d’une maladie qui allait provoquer la pire pandémie de l’histoire.

Selon une analyse génétique d’une dent du corps, la variante de la peste qui a tué la victime avait déjà développé la capacité d’infecter les puces. Le: Yersinia pestis: La bactérie forme une sorte de boule dans la bouche de l’estomac de la puce, qui se nourrit du sang des animaux et des humains. Cette boule bactérienne amène la puce à vomir du sang, qui est infectieux pour tout autre organisme qui la touche. Au lieu de piquer son hôte plusieurs fois pour se rassasier, la puce mord des centaines de fois parce qu’elle est folle de faim. Il devient ainsi un minuscule propagateur de la bactérie de la peste, capable de parcourir des centaines voire des milliers de kilomètres.

“C’est une brillante adaptation”, résume Aida Andrades Valtueña, généticienne de 30 ans originaire de Barcelone et auteure principale de l’étude qui sera publiée cette semaine dans le Actes de l’Académie nationale des sciences: (PNAS). “La maladie peut être transmise par quelques bactéries, mais plus la puce fait de piqûres, plus sa capacité à se propager est grande”, souligne-t-elle. Chez l’homme, les bactéries de la peste s’accumulent dans les ganglions lymphatiques, qui gonflent au point de se déformer. En 10 jours, l’agent pathogène a conquis tout le corps et produit une septicémie mortelle.

L’étude a analysé le génome de 252 individus qui vivaient il y a entre 5 000 et 2 000 ans, dont 17 qui ont été tués par la peste. Les chercheurs ont comparé les bactéries de cette époque avec les bactéries des pires pandémies de peste connues, notamment la peste justinienne au 6e siècle et la peste noire au 14e siècle, qui a tué un Européen sur trois. “C’est l’ensemble de cas le plus complet qui ait été recueilli à ce jour”, explique Andrades, qui travaille à l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive, en Allemagne.

Seuls deux autres décès dus à la peste bubonique ont été recensés à partir de cette époque : un homme et une femme, âgés d’environ 35 ans, qui ont été enterrés blottis l’un contre l’autre, les mains jointes, il y a 3 800 ans.

L'excavation de deux victimes de la peste bubonique dans la région russe de Samara.
L’excavation de deux victimes de la peste bubonique dans la région russe de Samara. VV Kondrashi :

Ces corps ont été retrouvés dans la région russe de Samara, à plus de 5 000 kilomètres du dolmen de Valava. Mais dans les deux cas, l’agent pathogène possédait déjà les adaptations génétiques nécessaires pour provoquer la peste bubonique, notamment le gène ymt qui permet Yersinia pestis: pour coloniser les puces. D’un point de vue génétique, la bactérie trouvée à El Sotillo est évolutivement plus ancienne que la bactérie russe, il est donc possible que la peste bubonique provienne de la péninsule ibérique et non d’Eurasie, comme on le pensait auparavant.

L’étude révèle également plusieurs cas d’un autre variant qui n’était pas encore capable d’infecter les puces et qui ne possédait pas tous les gènes de virulence. “Cet autre fléau est un mystère”, reconnaît Carles Lalueza-Fox, co-auteur de l’étude et généticien du centre national de recherche espagnol CSIC. “Nous ne savons pas d’où cela vient, comment cela s’est transmis ou quelle était sa gravité. Le plus surprenant, c’est qu’on a montré que cette variante a coexisté avec le bubonique pendant environ 2 000 ans jusqu’à sa disparition, il fallait donc qu’elle réussisse sur le plan évolutif », dit-il.

Il y a environ 5 000 ans, une civilisation d’éleveurs nomades des steppes d’Eurasie connue sous le nom de culture Yamnaya s’est répandue en Europe occidentale, laissant sa marque génétique partout où elle allait et effaçant celle de la communauté locale. Les conséquences de cet épisode persistent aujourd’hui – la plupart des Européens portent une grande partie des gènes Yamnaya dans leur génome. C’est justement à cette époque que la population de l’Europe a fortement chuté. Il n’est pas clair si cela était dû à une invasion violente ou au repeuplement des colonies qui ont été incendiées pour des raisons inconnues. L’une des plus grandes inconnues soulevées par cette étude est de savoir si ces migrants ont apporté la peste avec eux.

“C’est une question à laquelle il est très difficile de répondre”, admet Lalueza. L’homme du dolmen d’El Sotillo a déjà la marque génétique du Yamnaya. Mais il est possible que la peste soit arrivée avant ces migrants par les voies commerciales et de communication. C’est quelque chose qui s’est également produit avec les maladies qui sont arrivées en Amérique avec les conquistadors espagnols. Parfois, des villes entières sont mortes de la rougeole ou d’autres maladies d’origine européenne », explique-t-il, ajoutant que ces maladies ont souvent atteint les villes avant les Espagnols en raison du mouvement de la population locale.

Un fragment de la mâchoire de l'homme enterré dans le dolmen d'El Sotillo à Álava.
Un fragment de la mâchoire de l’homme enterré dans le dolmen d’El Sotillo à Álava.J. Fernandez Eraso :

Les résultats des travaux illustrent comment l’agent pathogène a changé au cours des 2 000 ans de coexistence des deux fléaux. “Nous voyons qu’il perd certains gènes et il est possible que ce soit parce qu’il avait déjà développé la capacité d’infecter les puces, et grâce à cela, il pouvait se propager facilement, alors qu’avant il fallait conserver la capacité d’infecter d’autres espèces”, explique Andrades.

Il est très probable que cette autre peste déjà éteinte ait d’abord infecté les animaux, puis les humains, comme c’est le cas pour de nombreuses autres pandémies, y compris le coronavirus actuel, qui a probablement trouvé son origine chez les chauves-souris. Les chèvres et les moutons souffrent de la peste, mais souvent, ils n’en meurent pas, et parfois ils ne développent même pas de symptômes. Il est également possible que ce soient les chevaux qui aient porté l’agent pathogène ou même que les premières contagions aient été en mangeant des animaux infectés. L’un des derniers cas de peste bubonique enregistrés, en 2020, était dû à la consommation humaine de viscères d’une marmotte infectée », précise-t-elle.

Il y a trois ans, le biologiste argentin Nicolás Rascován et son équipe ont retrouvé le corps d’une fille qui avait été tuée par la peste dans l’actuelle Suède. Cela s’est produit il y a environ 5 000 ans et : Yersinia pestis: les bactéries qui l’ont tuée sont antérieures aux deux variantes analysées dans cette étude. “La chose la plus importante à propos de ce nouveau travail est qu’il nous montre que la lignée de la peste qui n’était pas transmise par les puces était répandue dans toute l’Eurasie”, explique Rascován, qui travaille à l’Institut Pasteur de Paris. “Le seul autre agent pathogène identifié à cette époque est l’hépatite B, qui n’était pas mortelle. Par contre, je crois que la peste aujourd’hui disparue a dû être très contagieuse et mortelle ; il a probablement causé la première grande pandémie de l’histoire. Il faut se rappeler que la bactérie de la peste s’installe principalement dans les intestins et le sang. Les anciens échantillons analysés ici proviennent des dents, ce qui implique des niveaux de bactéries dans le sang qui ne sont pas vraiment compatibles avec une maladie bénigne », explique-t-il.

Le chercheur estime également qu’il existe un lien clair entre l’arrivée de la culture Yamnaya et la peste. “Les cas de peste sont plus élevés, plus la contribution génétique des Yamnaya est importante”, dit-il. Une autre question sans réponse est quelle est l’origine des formes les plus primitives de la peste. Pour l’instant, les cas les plus anciens se trouvent en Europe, mais il est possible qu’à l’époque la bactérie ait également été présente en Chine et dans d’autres pays asiatiques. Les chercheurs pensent que cette question ne peut être résolue que par l’apparition de nouvelles données génétiques de cette région.

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